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Introduction à Spot Browser® 3
Depuis 2002, ALPHELYS a su développer une forte expertise dans le domaine des TISSUE ARRAYS et a introduit et vendu depuis Juin 2002 avec succès la station d’analyse des TISSUE ARRAYS la plus diffusée en Europe et nommée Spot Browser®.
En 2002, ALPHELYS proposait une des premières stations d’analyse des lames de tissue arrays avec la première génération de Spot Browser®.
Spot Browser® est un système d’analyse des TISSUE ARRAYS basé sur un microscope et qui autorise l’utilisateur à rapidement capturer les images des spots, les annoter et analyser par imagerie quantitative ces mêmes images pour des opérations de type comptage de noyaux, quantification d’intensité de signal en IHC, mesures morpho métriques…
En 2004, ALPHELYS introduisit le MTABOOSTER® et le BOOSTARRAYER® qui apportèrent un nouveau coup d’accélérateur au développement de la technologie du TISSUE ARRAYS en favorisant son utilisation et sa diffusion dans les laboratoires de recherche.
MTABOOSTER® est un kit de motorisation pour tous tissue arrayers manuels d’origine BEECHER INSTRUMENTS de modèle 1.
En Septembre 2006, ALPHELYS introduit TISALYS®, la première véritable base de données commerciales pour l’archivage et l’exploitation des énormes quantités de données et d’images générées lors des projets en tissue arrays.
En Février 2007, ALPHELYS introduit MiniCore®, une nouvelle génération de tissue arrayers basée sur une technologie propriétaire et brevetée ALPHELYS qui simplifie et accélère la construction des tissue arrays.
Avec l’extension des programmes de recherche sur TISSUE ARRAYS, la demande en analyse de lames de tissue arrays augmente régulièrement avec des besoins de plus en plus complets.
Leader sur ce créneau, ALPHELYS se devait de faire évoluer sa solution largement répandue, le Spot Browser® 2.
Ainsi, ALPHELYS va prochainement mettre sur le marché la nouvelle génération de Spot Browser®, la génération Spot Browser® 3.
Cette génération reprendra la recette du succès de la génération 2 à savoir un niveau de fonctionnalité très poussé pour rendre un service maximal.
Grâce à l’intégration de la plate-forme de numérisation rapide ALPHELYS GoodSpeed®, Spot Browser® 3 gagnera la capacité à capturer et à analyser des tissue arrays à tous grossissements.
Spot Browser® 3 proposera également la capture et l’analyse en fluorescence.
Enfin, Spot Browser® 3 sera plus profondément intégré avec les autres produits ALPHELYS pour le tissue array : TMADesigner® pour automatiser la récupération des grilles de TMA et TISALYS® pour l’exploitation des données. |
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L'analyse des lames virtuelles de tissue arrays par Spot Browser® 3
Plus d'automatisation encore dans la détection des spots dans le tissue array
Le tissue array est un monde à part dans les micro-arrays. Contrairement aux puces à ADN et consors, les spots ne sont pas déposés sur la lame à des positions bien définies.
La coupe du bloc de tissue array, le type tissulaire de spot, la qualité de la paraffine et l’expertise du technicien, tout cela concourt à la qualité du tissue array à savoir : combien de spots sont en place sur la lame et aussi est-ce que le schéma de la grille théorique du tissue array est maintenu sur la lame ?
Depuis les débuts de Spot Browser®, ALPHELYS a proposé des solutions de plus en plus performantes et flexibles pour détecter la position des spots sur la lame avec des systèmes de grilles déformables dans toutes les directions et une détection automatique des spots dans la grille pour ajuster le positionnement.
La détection de la position exacte des spots est essentielle : elle permet d’une part de relocaliser le spot sous le microscope pour le voir en réel et non seulement une image, et d’autre part elle permet d’éliminer les images non utiles, c’est-à-dire hors spots, de la base de données image et réduire ainsi la charge de stockage.
Avec la nouvelle génération Spot Browser® 3, vous gagnez en précision et rapidité de détection, la position des spots est obtenue encore plus rapidement avec moins de temps opérateur.
Grâce à TMADesigner®, le logiciel de conception des tissue arrays ALPHELYS, Spot Browser® 3 récupère les grilles théoriques qui servent de base de référence pour l’identification des positions réelles des spots sur la lame. |
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La richesse fonctionnelle et la flexibilité de Spot Browser® 2 en référence
Spot Browser® 2, bien que limité parfois en performances pures, est largement reconnu comme un logiciel de référence pour l’analyse des tissue arrays compte tenu de son niveau de fonctionnalité élevé.
Spot Browser® 3 reprend la recette de Spot Browser® 2 et augmente encore le nombre de fonctionnalités. Vous retrouvez donc la facilité de créer vos champs d’annotations et de définir des protocoles d’analyse d’image à volonté.
Apparaissent dans Spot Browser® 3 :
• l’analyse d’une lame par rapport à une lame de référence
• l’analyse en fluorescence
• l’analyse d’image par Intelligence Artificielle
• l’intégration totale avec TMADesigner® et TISALYS®.
La création de modèles d’étude est largement simplifiée.
Vous pouvez également créer des protocoles d’analyse d’image qui peuvent être désormais enregistrés individuellement et non plus à l’intérieur d’un modèle d’étude. Cela permet de facilement associer un modèle d’étude avec n’importe lequel des protocoles d’analyse d’images en fonction de la situation.
Dans Spot Browser® 3, vous disposez de la faculté de créer des champs de données sans limitation qui, à l’instar de TISALYS®, peuvent être associés à l’étude, la lame, le spot, l’individu. Chaque utilisateur peut ensuite définir quels champs il souhaite voir afficher en interface en fonction du projet sur lequel il travaille.
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L'intelligence artificielle en option dans Spot Browser® 3
Spot Browser® 3 intègre par défaut comme dans la génération 2 des outils d’analyse d’image par analyse des pixels. La facilité de créer des protocoles d’imagerie reste mais la génération 3 proposera dans le courant 2007 un nouvel outil d’interprétation des images basée sur de l’Intelligence Artificielle. Cet outil augmentera très sensiblement la capacité de Spot Browser® 3 à identifier automatiquement des structures histologiques complexes afin de les analyser et quantifier.
Cet outil sera proposé en option.
Analyse d'une lame avec lame de référence
Dans de nombreuses situations de marquage, l’analyse requiert la référence à la lame en H&E comme pour certains marquages en IHC et en FISH.
Spot Browser® 3 propose, tout comme TISALYS® aujourd’hui, la possibilité de se référer à une lame de référence pour l’analyse d’image aussi bien que pour les annotations par analyse visuelle des spots.
Vous pouvez choisir la lame de référence.
S’il s’agit de lames suffisamment proches (sériées), vous avez la possibilité de tracer manuellement ou par détection des zones sur la lame de référence, obtenir la copie de ces tracés sur la lame à analyser et de réaliser les annotations ou l’analyse d’images dans ces zones. |
| vers le haut | Spot Browser® 3 encore plus intégré avec TMADesigner® et TISALYS®
Dans Spot Browser® 2, vous avez la possibilité d’importer le fichier créé dans TMADesigner® et qui rassemble tous les éléments de votre tissue array : numéros de grille, spot, positions en microns, données patient et données histologiques.
Spot Browser® 3 vous permet toujours l’importation de ce fichier TMADesigner® mais automatise la récupération des données de grille afin de les exploiter dans la détection des spots sur la lame de tissue array.
Par ailleurs, les champs de données existants dans le fichier TMADesigner® sont désormais automatiquement créés dans la base de données de Spot Browser® 3, comme cela existe déjà dans TISALYS®. A l’importation, vous pouvez modifier le nom des champs importés ainsi que le format. Celui-ci est détecté automatiquement par défaut à l’analyse du fichier TMADesigner®.
La création de vos études est largement simplifiée et accélérée.
Une fois que vos tissue arrays sont analysés, les images et données résultats peuvent être explorées par requête simple ou complexe, comparées et exploitées, notamment en biostatistique en interne ou externe*, à l’aide de l’option TISALYS®, la base de données Tissue Arrays de ALPHELYS. Cet outil a été lancé en septembre 2006 avec succès et constitue une véritable référence dans le domaine de la gestion des données de TMA.
L’option TISALYS® est rapidement installée sur un poste Spot Browser® 3. TISALYS® peut être exploité en réseau grâce à des licences de connexion (voir Options).
| | vers le haut | Sécurisation des accès
Les données de Tissue Array sont souvent sensibles et fréquemment ne peuvent être diffusées à tous compte tenu de certaines données à caractère privé comme les données d’identification Patient.
Spot Browser® 3 propose un accès sécurisé par compte utilisateur avec login et mot de passe.
L’administrateur de Spot Browser® 3 peut facilement créer des comptes.
Les données dans la base de données sont compartimentées en équipes et projets.
Spot Browser® 3 disponible en licence supplémentaire
Spot Browser® 3 est proposé en licence supplémentaire. Grâce à cette licence, un utilisateur supplémentaire peut accéder par réseau à la base de données centrale de Spot Browser® 3 et réaliser des analyses. Le nombre de licences de connexion n'est pas limité. |
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La mise a jour de Spot Browser® 3 sur un poste Spot Browser® 2e
La mise à jour d’un poste Spot Browser® 2 vers un système Spot Browser® 3 permet de bénéficier de la numérisation rapide des lames de TMA, de capturer à divers grossissements sans limitation et enfin de pouvoir accéder en option à la fluorescence et à l’analyse comparée d’un TMA échantillon à un TMA de référence |
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